Фамилия Вайнилович в своей основе имеет прозвище Вайнил, и здесь есть сразу несколько версий происхождения. Самая вероятная связана со старолитовским глаголом vainoti — «бранить». Если это так, то прозвище отражало характер предка: скорее всего, он был строгим или резким в словах человеком. Такие прозвища по поведению — один из самых распространённых типов в восточноевропейской антропонимии, и литовский след здесь не случаен: исторические земли современной Беларуси и Литвы веками были тесно связаны.

Менее убедительно выглядит версия, возводящая прозвище Войнил к словацкому vojin — «воин». Словацкое влияние на белорусскую ономастику значительно слабее литовского, и для этой гипотезы нет надёжных параллелей. Если же говорить о географическом объяснении, то оно заслуживает внимания: в Чаусском районе Могилёвской области Беларуси есть деревня Войнилы. В таком случае фамилия Вайнилович — типичная «топонимическая» фамилия, указывающая на выходца из этого села. Суффикс -ович в белорусской традиции часто присоединялся именно к названиям мест, обозначая «сына того, кто оттуда родом».

Что касается словообразовательной модели: фамилия построена по патронимическому типу. Суффикс -ович означает «сын», «потомок». То есть Вайнилович — это буквально «сын Вайнила». Само прозвище Вайнил, вероятно, было усечённой формой от более полного имени или прозвища — такие сокращения характерны для литовско-белорусского пограничья. Таким образом, фамилия могла закрепиться либо за потомком строгого человека, которого прозвали Вайнилом, либо за переселенцем из деревни Войнилы, чьё прозвище со временем стало родовым именем.