Фамилия Вайнутис предположительно образована от названия литовского города Вайнут (по-литовски Вайнутас), выходцем из которого и был основатель рода Вайнутис. Предположительно название города восходит к литовскому корню со значением «корона, венец». Менее вероятно, что фамилия Вайнутас ведёт начало от аналогичного прозвища, которое связано с латышским словом vaina - «порок, изъян». В этом случае прозвище могло указывать на внешние особенности предка: у него мог быть некий физический недостаток.