Фамилия Ваыпек с высокой вероятностью не является исконно русской. В ней отсутствуют типичные для русских фамилий суффиксы (-ов, -ев, -ин, -ский), а сочетание «ы» после гласной «а» и редкий конечный «ек» указывают на иноязычное происхождение. Скорее всего, это фамилия тюркского или финно-угорского корня, адаптированная на русской почве.

Наиболее правдоподобная гипотеза связывает основу «ваып» с тюркскими языками. В казахском, татарском или башкирском слово «вайып» (ваип) может означать «грех», «проступок» или «вина». В таком случае фамилия могла возникнуть как прозвище человека, который искупил вину, или, напротив, того, кого считали грешником. Суффикс «-ек» в тюркских языках часто носит уменьшительно-ласкательный или указательный оттенок, превращая нарицательное слово в личное имя или прозвище. Таким образом, Ваыпек могло быть прозвищем вроде «грешок» или «виноватый», которое затем закрепилось как фамилия.

Другая, менее вероятная версия — финно-угорское происхождение. В коми или удмуртском языке «ва» означает «вода», а «ып» может быть вариантом корня, связанного с течением или потоком. Однако сочетание «ваып» не фиксируется в словарях как устойчивая лексема, поэтому эта версия остаётся гипотетической. Если фамилия встречается в районах Поволжья или Урала, где исторически жили финно-угорские народы, её стоит проверить через местные архивы.

В русском языке фамилия Ваыпек не склоняется по падежам в мужском роде и не изменяется по числам — это характерно для заимствованных фамилий с конечным согласным. Носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами из регионов с тюркским населением (Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье), но точных данных о сословной принадлежности нет. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о её локальном или единичном происхождении.