Фамилия Вайшнур — редкая, и её происхождение неочевидно. Корень фамилии не вписывается в типичные модели русских, украинских или белорусских фамилий, образованных от славянских основ. Скорее всего, перед нами фамилия еврейского (ашкеназского) происхождения, адаптированная к восточноевропейской письменности.

В основе фамилии лежит, вероятно, идишское или немецкое слово. Первая часть «Вайш-» (weiss) означает «белый». Вторая часть «-нур» может восходить к немецкому «Nur» (только) или к идишскому «нур» (нора, дыра, а также название пушного зверька — норки). Если сложить значения, получается либо «белая норка» (что могло быть прозвищем скорняка, торговца мехом или человека со светлыми волосами), либо более абстрактное «только белый» (прозвище по внешности). Есть и менее вероятная, но возможная версия: фамилия могла быть образована от названия населённого пункта с похожим корнем (например, Вайсенбург или Вайшноры в Восточной Пруссии), но такие топонимы редки.

Суффикс в фамилии нулевой, что характерно для искусственных или прозвищных фамилий, которые не переделывали под славянские окончания (-ов, -ин, -ский). В Российской империи такие фамилии часто давали еврейским семьям при переписях в конце XVIII — начале XIX века. Фамилия фиксировалась чиновником на слух, поэтому возможны варианты написания: Вайшнур, Вейшнур, Вайшнор.

Сословно носители фамилии Вайшнур, скорее всего, относились к мещанам или ремесленникам, жившим в черте оседлости (на территории современной Беларуси, Украины, Польши, Литвы). Географически фамилия встречается в документах XIX века преимущественно в Минской и Виленской губерниях.

Однокоренных фамилий мало: можно вспомнить Вайсман (белый человек), Вайсбанд (белая лента), Вайсблат (белый лист). Но Вайшнур стоит особняком — в ней соединены два разных по происхождению элемента, что делает её нестандартной даже для еврейской ономастики. Это типичная «канцелярская» фамилия, возникшая как односложное прозвище, закреплённое в паспорте, и не имеющая древнего родового прошлого.