Фамилия Вайскалиев — редкий пример фамилии, образованной от тюркского имени с помощью русского патронимического суффикса -ев. Основа здесь — мужское имя Вайскали, которое, скорее всего, является вариантом или диалектной формой имени Байскали.

Имя Байскали (или Байкали) состоит из двух частей: «бай» (богатый, могущественный, господин) и «кали» (один из эпитетов Аллаха — Вечный, Древний, или же просто сокращение от имени Калим — «говорящий»). В тюркской ономастике сложные имена с компонентом «бай» были очень распространены: они выражали пожелание ребёнку богатства, благополучия и покровительства высших сил. Таким образом, Вайскали — это человек, отмеченный божественным богатством или вечной удачей.

Начальное «В» вместо «Б» в фамилии Вайскалиев — характерная фонетическая черта, которая нередко встречается в записях фамилий у казахов, ногайцев или татар. В устной речи звук «б» мог оглушаться или переходить в «в» под влиянием русских говоров, где приставка «в-» была привычной. В итоге при документальном оформлении фамилии закрепился именно вариант Вайскалиев, а не Байскалиев.

Фамилия указывает на то, что предок носителя был известен в своей общине под именем Вайскали, а его дети и потомки стали Вайскалиевыми. Типичный регион бытования — Западный Казахстан, а также смежные территории Оренбургской и Астраханской областей России, где исторически кочевали тюркоязычные народы. Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Вайскалиев, ваши корни почти наверняка уходят в казахскую степь.