Фамилия Вайся — один из тех редких случаев, когда сразу бросается в глаза нетипичное для русской ономастики окончание. В русском языке фамилии редко заканчиваются на -ся без суффикса (как, например, в фамилиях на -ский или -ин). Это сразу указывает на то, что перед нами, скорее всего, не исконно русская фамилия, а заимствованная или искусственно созданная.

Вероятнее всего, корни фамилии лежат в тюркских или кавказских языках. Основа «вай» может быть связана с тюркским междометием «вай», выражающим удивление, боль или призыв. В таком случае прозвище Вайся мог получить человек, часто употреблявший это слово в речи, или же это была усеченная форма от какого-то имени. Например, в чеченском и ингушском языках «вай» означает «мы», а в осетинском «уай» — «беда» или «горе», но эти версии менее вероятны для фамилии.

Другая, более прозаичная версия — фамилия Вайся могла возникнуть как искажение или адаптация при переписи населения. В XIX веке чиновники часто записывали фамилии на слух, и сложные для русского уха окончания могли «обрубать». Например, немецкая фамилия Вайс (Weiß — «белый») или польская Вайса могли на русской почве получить окончание -я, превратившись в Вайся. В этом случае фамилия означала бы «белый» или «светлый» и относилась к внешности предка.

География фамилии размыта. Встречается она редко, единичные носители живут на Северном Кавказе, в Закавказье и в центральной России. Сословной принадлежности по фамилии не определить — она могла принадлежать как крестьянину, так и городскому мещанину. Главное, что стоит запомнить: фамилия Вайся — это не «сын Вая» и не «принадлежащий Вае», а, скорее всего, прозвище, застывшее в форме, которая для русского уха звучит как иностранная.