Фамилия Вегенов — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но происхождение корня остаётся неочевидным. В ней отчётливо видна стандартная русская модель: основа + патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Вегена). Вопрос в том, что скрывается за основой «Веген».

Самый прямой путь — немецкий корень. Фамилия Веген, Вэген (Wegen) встречается у немцев и означает «дороги», «пути» (от Weg — дорога). В России такие фамилии нередко получали обрусевшие немцы или выходцы из Прибалтики, где немецкое влияние было сильным. Если предок носил прозвище или фамилию Веген (например, по месту жительства у дороги или по профессии, связанной с перевозками), то его сын записывался как Вегенов. Подтверждает эту версию и география: фамилия Вегенов встречается в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVIII–XIX веках активно приглашали немецких колонистов.

Менее вероятная, но возможная версия — искусственное происхождение в семинарской среде. Служители церкви иногда образовывали фамилии от латинских или греческих слов. Латинское vegēre (бодрить, оживлять) или vigeō (быть сильным, процветать) могло дать основу «Веген» — с намёком на бодрость духа или крепость веры. Однако суффикс -ов для семинарских фамилий нехарактерен: там чаще встречались -ский или -ин.

Славянская основа для «Веген» не просматривается — ни в древнерусских именах, ни в диалектных прозвищах такого корня нет. Поэтому основная гипотеза остаётся немецкой. Фамилия Вегенов — это, скорее всего, след межкультурного контакта, когда немецкое имя или прозвище подстроилось под русскую грамматику, сохранив в основе память о дороге или пути предка.