Фамилия Вегенер — по всей видимости, вариант более известной немецкой фамилии Вагнер. В основе обеих лежит немецкое слово Wagner, которое в дословном переводе означает «каретный мастер». Проще говоря, это профессиональное прозвище, которое давали человеку, занятому изготовлением или ремонтом повозок, карет и колёс. Такие именования по ремеслу — одна из самых распространённых моделей в немецкой антропонимии, и Вегенер здесь не исключение.

Фонетически фамилия Вегенер возникла из-за особенностей произношения в некоторых немецких диалектах: там, где литературное «Wagner» звучало более мягко или с иной огласовкой, на письме закрепился вариант Wegener. В русской передаче это и дало форму «Вегенер». Таким образом, разница между Вегенер и Вагнер — чисто диалектная, а не смысловая: оба варианта указывают на одно и то же ремесло.

Словообразовательная модель здесь проста: основа Wagner/Wegener не содержит типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), потому что фамилия пришла в Россию уже в готовом немецком виде. Её носителями были, как правило, потомки немецких переселенцев, которых в XVIII–XIX веках приглашали в Российскую империю — в Поволжье, Причерноморье и на Волынь. Поэтому географически фамилия Вегенер чаще встречается в регионах бывших немецких колоний, хотя со временем распространилась и шире.

Если говорить о спорных версиях, то иногда Вегенер пытаются возвести к другим корням, например к нижненемецкому Weg («путь, дорога») — мол, прозвище для путника или дорожного мастера. Но эта гипотеза уступает основной: связь с Wagner подтверждается и массовостью фамилии, и её фонетическими вариантами, хорошо задокументированными в ономастических словарях (в частности, у Б. Унбегауна в разделе о немецких фамилиях в России). Так что с высокой долей вероятности предок носителя фамилии Вегенер был каретником или тележным мастером — ремесленником, без которого в доиндустриальной Европе не обходилось ни одно хозяйство.