Фамилия Вегнер — это, скорее всего, вариант более известной немецкой фамилии Вагнер. Обе они восходят к одному корню: к немецкому слову Wagner, которое в русском языке закрепилось в значении «каретный мастер», «тележник» или «колёсных дел мастер». Проще говоря, предок Вегнеров занимался изготовлением и ремонтом повозок, экипажей и их деревянных частей — ремеслом, жизненно важным в те времена, когда лошадь была главным средством передвижения.

Разница в написании — Вегнер вместо Вагнер — объясняется особенностями произношения и передачи немецких звуков на русскую почву. В немецком языке буква «a» в слове Wagner звучит открыто, близко к русскому «а». Однако в некоторых диалектах, особенно восточно-немецких, или при адаптации фамилии через польский язык (где «a» в определённых позициях может читаться как «э») произношение смещалось. Так и появился вариант Вегнер: он отражает местное произношение или запись фамилии на слух переселенцами, говорившими по-русски.

Интересно, что фамилия Вагнер стала всемирно известной благодаря композитору Рихарду Вагнеру, но её ремесленный корень — куда более прозаичный. Фамилия Вегнер, будучи её диалектным «родственником», встречается не только в России, но и в Польше, Чехии и других странах Восточной Европы, куда в разное время переезжали немецкие мастера. В Российской империи носители фамилии Вегнер чаще всего оказывались среди прибалтийских немцев, поволжских колонистов или ремесленников, приглашённых в города. Это не дворянская фамилия, а типичное фамильное прозвище, закрепившееся за целым родом по профессии основателя.