Фамилия Вигнер — одна из тех, что пришли в русский обиход из Германии, но её значение не лежит на поверхности. В основе, скорее всего, лежит не прямое слово, а искажённое прозвище. Самая вероятная версия: Вигнер — это переосмысленная фамилия «Винер» (Wiener), то есть «житель Вены». В немецкой среде такое прозвище давали человеку, который либо родился в австрийской столице, либо долго там прожил, либо имел с ней прочную торговую или семейную связь. Со временем, при переходе в другую языковую среду, «Винер» могло превратиться в «Вигнер» — из-за особенностей произношения или записи на слух.

Есть и вторая, не менее правдоподобная версия. Она связывает фамилию с ремеслом. Исходное слово «Вагнер» (Wagner) означает «каретный мастер» — тот, кто делал повозки, телеги и экипажи. Это одна из самых старых и уважаемых профессий в средневековой Европе. Искажение «Wagner» в «Wigner» (а затем и в русское «Вигнер») тоже встречается в документах, особенно когда фамилию записывали со слов человека, говорившего на диалекте.

Словообразовательная модель здесь простая: фамилия образована от прозвища или профессии без дополнительных русских суффиксов — она пришла в готовом немецком виде. В отличие от многих других немецких фамилий, оканчивающихся на -ер, Вигнер не получила в России типичного окончания -ов или -ин, что говорит о сравнительно позднем закреплении фамилии или о том, что её носители долго сохраняли немецкое самосознание.

Географически фамилия Вигнер встречается и в Германии, и в Австрии, но в России она редкая. Чаще всего её можно найти среди потомков немецких колонистов, переселившихся в Поволжье или в Причерноморье в XVIII–XIX веках. В советское время фамилия получила известность благодаря физику Юджину Вигнеру, но это американский учёный венгерского происхождения, и его фамилия имеет те же корни, что и русские Вигнеры.