Фамилия Вернер восходит к диалектному немецкому слову Werner – «ячмень на глазу». Следовательно, она указывает на определенные внешние особенности предка. Фамилия Вернер образована от аналогичного немецкого имени, состоящего из двух компонентов: war(in) - «охрана, стража, конвой, караул» и heri - «армия». Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит прозвище. В этом случае предок обладателя фамилии Вернер мог заниматься военным делом или быть охранником.