Фамилия Вения — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычную модель образования от крестильного имени или прозвища с помощью патронимических суффиксов -ов, -ев или -ин. Её окончание -ия скорее напоминает заимствованные или искусственные формы, что и задаёт главное направление поиска.

Самая вероятная версия — фамилия происходит от библейского имени Вениамин (в русской традиции — Веньямин). В просторечии это имя нередко сокращали до Веня, а от него могли образовать фамилию Венин — по модели «чей?» (чей сын? — Венин). Однако в некоторых говорах, особенно под влиянием украинского или белорусского языка, окончание -ин могло перейти в -ия, как в фамилиях типа Гулия, Дания. То есть Вения — это фонетический вариант фамилии Венин, закрепившийся в письменной форме. Подтверждает эту версию и то, что имя Вениамин было распространено в среде духовенства, где часто давали «говорящие» фамилии, образованные от библейских имён.

Существует и менее очевидная, но возможная гипотеза: фамилия могла возникнуть как русификация польской или литовской фамилии Wenija (от личного имени Wenanty или Wenancjusz). В этом случае носитель мог быть выходцем из западнорусских земель, где фамилии на -ия встречаются чаще (например, Скорупия, Бартосия). Однако эта версия требует дополнительных генеалогических подтверждений.

Единичные случаи бытования фамилии Вения фиксируются в основном в центральной России и на юге, что скорее говорит о её случайном, а не массовом происхождении. В документах XIX века она почти не встречается, что типично для фамилий, образованных от редких форм имени или возникших в результате ошибки писаря. Таким образом, если вы носите фамилию Вения, ваш предок, скорее всего, носил имя Вениамин или его производное, а фамилия закрепилась за ним в среде, где ценились библейские имена — возможно, среди сельских священников или грамотных крестьян.