Фамилия Венцкунас — редкий случай, когда носитель русского языка почти сразу видит, что перед ним не исконно русская фамилия. Характерный суффикс -ас, а также скопление согласных в начале слова выдают литовское происхождение. Фамилия образована по типичной для литовской антропонимии модели: к основе добавляется суффикс -унас, который в мужских фамилиях указывает на принадлежность или происхождение, примерно как русское -ов/-ев или польское -ский. Чаще всего такие фамилии означали «сын такого-то» или «принадлежащий такому-то».

Основа фамилии — Венцк-. Здесь мы видим либо сокращённую форму от личного имени Венцесловас (литовский аналог славянского Вячеслав), либо от корня, связанного с литовским глаголом vingiuoti (вилять, извиваться) или vinkšna (вяз, дерево). Второй вариант менее вероятен для фамилии, но полностью исключать его нельзя: прозвища по деревьям в Литве встречаются. Самая правдоподобная версия — что Венцкунас происходит от уменьшительной формы имени Венцесловас, то есть Венцкус. Такой способ образования (основа + -унас) — один из самых распространённых в литовской ономастике конца XIX — начала XX века, когда фамилии активно оформлялись и записывались.

Географически фамилия тяготеет к юго-восточной Литве и приграничным районам современной Беларуси, где исторически жила литовская шляхта и крестьяне. В Российской империи, когда литовские фамилии русифицировали, Венцкунас мог превратиться в Венцкунов или даже Венцкевич, но исходная форма сохранилась у тех, кто остался в пределах литовского культурного ареала. Встречается также вариант Венцкунайтис — более старая форма, где суффикс -айтис указывает на предка-основателя рода.

Социальный статус предков установить сложно: фамилии на -унас носили и крестьяне, и мелкая шляхта. Отличить их можно только по документам: если в метрике указано «из шляхтичей» — значит, род имел привилегии, если нет — вероятнее всего, крестьянское происхождение. Фамилия не относится к числу распространённых даже в Литве, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: круг носителей узок, а значит, найти общих предков проще.