Фамилия Вергилюш — редкий случай, когда корень не бросается в глаза, а суффикс сразу указывает на географию. Модель образования здесь не русская, а скорее молдавская или румынская: суффикс -уш (-uș) в этих языках образует уменьшительные или ласкательные формы от личных имён и прозвищ. Основа «Вергил» восходит, скорее всего, к латинскому имени Virgilius (Вергилий) — тому самому, которое носил древнеримский поэт. В восточнороманской среде это имя бытовало как календарное или народное, а суффикс -уш придал ему фамильное звучание: Вергилюш буквально значит «маленький Вергилий» или «Вергильчик».

Написание через «ю» (Вергилюш, а не Вергилуш) — характерная черта румынской орфографии, где буква «ю» передаёт звук [ju]. В Молдавии и на западе Украины (Черновицкая область, где исторически жили румыны и молдаване) такие фамилии встречаются чаще, чем в центральной России. Если носитель фамилии русский по паспорту, скорее всего, его предки были молдаванами или румынами, переселившимися в XIX–XX веках.

Вторая, менее вероятная версия — что основа не имя, а прозвище от румынского слова vârguș (от vargă — «прут, розга»). Тогда Вергилюш могло означать «худой, как прут» или относиться к человеку, который плел корзины из прутьев. Но связь с именем Вергилий выглядит убедительнее: в ономастике Балкан и Карпат антропонимы на -уш от латинских имён — обычное дело (сравните Петруш, Георгиуш, Андрюш).

Сословно фамилия не маркирована: её могли носить и крестьяне, и священники (имя Вергилий встречалось среди униатского духовенства). В русских метрических книгах XIX века Вергилюши почти не попадаются — это подтверждает, что фамилия пришла в русскоязычную среду поздно, вместе с миграцией из Бессарабии.