Фамилия Вергин — редкий случай, когда внешне простая основа таит в себе несколько неочевидных путей происхождения. В ней нет типичного суффикса -ов или -ин, указывающего на принадлежность отцу: окончание -ин здесь уже часть корня, а не патронимический показатель. Поэтому первое, что бросается в глаза, — это возможная связь с именем Вергилий (древнеримский поэт). В русской традиции имя Вергилий редко, но встречалось в духовном сословии: семинаристам давали «античные» имена в честь классиков. От уменьшительной формы Верга или Вергиня и могла пойти фамилия Вергин — как указание на сына человека по имени Верга.

Вторая версия прозаичнее и связана с диалектными словами. В северных и сибирских говорах «верга» или «верги» означали что-то мелкое, негодное, либо изношенную одежду, обноски. В словаре Даля зафиксирован глагол «вергать» — бросать, кидать. Прозвище Верга могли дать неаккуратному, неряшливому человеку или, наоборот, тому, кто собирал и носил ветошь. В таком случае Вергин — буквально «из рода Верги», потомок того, кого прозвали за внешний вид или занятие.

Третья, менее распространённая гипотеза выводит фамилию от тюркского корня «верг» — давать, жертвовать. В татарских и башкирских семьях встречается фамилия Вергин (Виргин) с ударением на последний слог, что указывает на восточное происхождение. Однако для русского Вергина с ударением на первый слог эта версия менее убедительна.

Географически фамилия Вергин встречается в основном на северо-западе России — в Новгородской, Псковской, Ленинградской областях, а также в Сибири, куда переселенцы уходили в XVII–XVIII веках. Среди известных носителей нет громких исторических фигур, что типично для фамилий, образованных от прозвищ, а не от знатных родов. В любом случае, корень здесь не «верг» в значении «враг» или «верный» — это народная этимология, не подтверждённая словарями. Самый надёжный вариант: фамилия либо книжная, семинарская, от имени Вергилий, либо бытовая, от прозвища Верга, связанного с диалектным словом.