Фамилия Вернаков образована от прозвища или мирского имени Вернак. В её основе лежит прилагательное «верный» в значении «надёжный, преданный, правдивый». Суффикс -ак (в форме Вернак) в русских прозвищах часто придавал слову характерный оттенок: так называли человека по его яркому качеству, иногда с оттенком просторечной фамильярности. Вернак — это «верный человек», тот, на кого можно положиться. Интересно, что та же модель встречается в фамилиях Добряков (от Добряк), Смеляков (от Смеляк), Крепчаков — везде суффикс -ак выделяет носителя признака.

Менее вероятна, но возможна связь с географическим названием Вернаково (деревни с таким именем встречаются в центральной России). В этом случае фамилия могла указывать на выходца из этого селения, но тогда ожидалась бы форма Вернаковский или Вернаков — без суффикса -ский, что для топонимических фамилий редкость. Поэтому версия с прозвищем убедительнее.

В русских говорах слово «вернак» не фиксируется как самостоятельное, но в ономастике оно известно: в актах XVII века упоминаются крестьяне с прозвищем Верной, Верный. Фамилия Вернаков — типичная «патронимическая» форма: суффикс -ов означает «сын Вернака». То есть предок носителя фамилии был человеком, которого в округе знали как Вернака — честного и верного.

Сословно фамилия скорее всего крестьянская или мещанская. В дворянских родословных она не встречается, и это нормально: прозвища по личным качествам давали в любой среде, но закрепились они чаще у простых людей. Сейчас фамилия редкая, её носители живут в основном в центральных и южных областях России — в Воронежской, Ростовской, Липецкой. Встречается и у украинцев, где ударение иногда смещается на последний слог — Вернако́в.