Фамилия Вераков — редкий случай, когда разбор начинается не с корня, а с суффикса. Модель «-аков» для русских фамилий нетипична: в подавляющем большинстве мы встречаем «-ов» (Иванов) или «-ев» (Алексеев). Вариант на «-аков» указывает, что основа фамилии оканчивалась на твёрдый согласный, но при этом ударение, скорее всего, падало на последний слог — Верако́в. Если бы ударение было на первый слог, фамилия звучала бы как Ве́раков и писалась бы через «-ов».

Самая прямая версия происхождения — от прозвища или имени Верак. Это могло быть производное от крестильного имени Вера (в русской традиции — женского, но в просторечии уменьшительные формы иногда давали мужчинам в качестве внутрисемейного прозвища). Однако правдоподобнее, что Верак — это вариант древнерусского имени Веракс, которое встречается в документах XVI–XVII веков. Веракс, в свою очередь, восходит к греческому имени Варак (Βαράκ) — библейскому персонажу, полководцу из Книги Судей. Имя попало в святцы, но было редким, и в народном произношении дало формы Верак, Веракс, Вераков.

Вторая гипотеза — связь с диалектным словом «верак» или «верака». В некоторых северных и сибирских говорах так называли вруна, хвастуна или пустомелю. Сравните с однокоренными глаголами «врать», «верать» (говорить неправду). В этом случае Вераков — потомок человека, получившего прозвище Верак за склонность к приукрашиванию или обману. Версия не менее весома, чем библейская, и хорошо объясняет, почему в основе не имя, а бытовое слово.

Географически фамилия привязана к северу и востоку Европейской России. В переписях XIX века Вераковы встречаются в Вологодской, Вятской и Пермской губерниях — как раз в зоне бытования северных говоров со словом «верак». В центральных и южных регионах фамилия почти не фиксировалась.

Сословный состав типичен для крестьянской среды: Вераковы — в основном государственные или бывшие помещичьи крестьяне. Дворянских родов с такой фамилией не известно, что подтверждает её прозвищное или уменьшительно-церковное происхождение от неканонического имени.

Сравните с однокоренными фамилиями: Верин, Веригин, Веревкин — все они образованы от разных основ и не пересекаются с Вераковым. Ближайший родственник — фамилия Вераксин, которая строится от той же основы Веракс, но с другим суффиксом. Таким образом, Вераков — не вариант распространённой фамилии, а самостоятельная ономастическая единица с ясной, хотя и не единственной, этимологией.