Фамилия Вераксо, скорее всего, произошла от прозвища, которое давали не самому аккуратному и умелому человеку. В русских говорах было слово «варакса» (и его варианты — варака, веракса), означавшее плохого писца или художника, неумелого работника, а также болтуна, пустомелю или неряху. Так что предок-носитель этой фамилии мог быть либо небрежным переписчиком бумаг, либо просто неловким в делах человеком, либо надоедливым говоруньей. Суффикс -о в конце фамилии — редкая для русского языка модель, характерная скорее для украинской или белорусской традиции, где фамилии на -о часто застывали в форме прозвища без дополнительных родовых суффиксов (как, например, у фамилий Довженко или Нестеренко). Это указывает на то, что исходное прозвище Вераксо дали человеку и оно же стало родовым именем.

Существует и другая, менее убедительная версия, связывающая фамилию с эрзянским языком, где «варака» означает «ворон». Согласно этой гипотезе, имя Варака давали ребенку с черными как смоль волосами, и со временем оно трансформировалось в Вераксо под влиянием славянской речи. Однако эта версия слабее: во-первых, географически фамилия Вераксо встречается преимущественно в западнорусских и украинских регионах, где эрзянское влияние маловероятно. Во-вторых, смысловая связь с «вараксой» — «пачкуном» — гораздо прозрачнее и подтверждается множеством однокоренных прозвищ в русской ономастике (например, фамилии Вараксин, Варакса). Поэтому основная версия — прозвище по поведению или ремеслу — остается наиболее правдоподобной.