Фамилия Ветрогонский — редкий пример фамилии, образованной не от имени или профессии, а от яркого прозвища, которое давали человеку по складу характера. В основе лежит слово «ветрогон» — так в народе называли легкомысленного, непостоянного человека, «ветра в голове». В словаре В. И. Даля «ветрогон» — это «ветреный, неосновательный человек». Фамилия, по сути, закрепляла за родом прозвище предка, который, вероятно, отличался непоседливостью или несерьёзностью.

Суффикс -ский указывает на дворянское или шляхетское происхождение, но в русской среде такие фамилии часто давали семинаристам при поступлении в духовные училища. Церковь нередко заменяла неблагозвучные или «мирские» фамилии новыми, образованными от отвлечённых понятий или характеристик. Ветрогонский мог появиться как искусственная фамилия в семинарии — возможно, для «воспитательного» эффекта или как ироничный намёк на поведение ученика. Впрочем, не исключён и вариант, что фамилия возникла в помещичьей среде: землевладелец мог дать своим крестьянам прозвищную фамилию по качествам их предков.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и западных регионах России, а также на Украине и в Беларуси — там, где была распространена модель на -ский. Из-за редкого корня и яркого значения фамилия почти не имеет однокоренных аналогов: Ветров, Ветренко встречаются чаще, но Ветрогонский стоит особняком. В дореволюционных источниках её носители — это, скорее всего, либо духовенство, либо мелкопоместные дворяне; точных данных о сословной принадлежности нет.

Сегодня фамилия остаётся редкой. Её носители могут гордиться необычной историей: в отличие от множества «профессиональных» фамилий, Ветрогонский напрямую отражает человеческий характер — пусть и с оттенком народной иронии.