Фамилия Виликсар — редкая и неочевидная с точки зрения русского словообразования. В ней нет привычных славянских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу наводит на мысль: перед нами не исконно русская фамилия, а заимствованная, переосмысленная или искусственная. Скорее всего, её основа — личное имя или прозвище, а суффикс -ар характерен для западных языков, особенно для немецкого, польского или румынского, где он обозначает деятеля (как в фамилиях Шиллер, Мюллер, Коваль).

Наиболее правдоподобная версия: фамилия восходит к немецкому или балтийскому имени Виликсар, которое может быть составным. Первая часть — Wil- (от древневерхненемецкого willio — «воля», «желание»), вторая — -sahr или -sarr (от германского *saro — «доспехи», «вооружение»). В таком случае имя означало бы «тот, кто носит доспехи по своей воле» или «воин-доброволец». В славянской среде такое имя могло попасть через переселенцев из Прибалтики, Польши или через солдат-наёмников. Другая версия, менее вероятная, связывает фамилию с латышским корнем vilks («волк») и sargs («страж», «охранник») — то есть «волчий страж». Но это скорее народная этимология, так как стяжение двух корней в одну фамилию для латышского языка нетипично.

Географически фамилия Виликсар встречается в основном на северо-западе России, особенно в Ленинградской и Псковской областях, а также в Латвии и Эстонии. Это подтверждает версию о прибалтийско-немецких корнях. В Российской империи носители такой фамилии могли быть обрусевшими немцами, латышами или эстонцами, которые получили фамилию при переходе в православие или при записи в ревизские сказки.

В русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода на твёрдый согласный: Виликсара, Виликсару и т.д. Женский вариант не изменяется. Встречаются искажённые написания — Виликсар, Виликсер, Виликсарь, но исходная форма, судя по архивным записям XIX века, именно Виликсар. Фамилия не получила широкого распространения, и её носители, скорее всего, были ремесленниками, мелкими торговцами или отставными военными, осевшими в приграничных губерниях.