Вилижинский — фамилия, которая почти наверняка говорит о географическом происхождении её первого носителя. Суффикс -ский в русских фамилиях (в отличие от простых -ов и -ин) чаще всего указывает на связь с местностью: селом, городом или урочищем. Так образовывались фамилии дворян и духовенства, но позже — и крестьян, переселявшихся из конкретного места.

Основа «Вилижин-» заставляет искать топоним. И здесь есть интрига: на карте России и соседних земель нет крупного города с таким названием. Зато есть деревня Вилижино в Тверской области (например, в Осташковском районе). Если исходить из неё, то фамилия могла быть дана человеку, переехавшему из Вилижина, — по модели «откуда родом» (ср. Калужский, Тверской). Однако суффикс -ин- в основе (Вилижин + ский) намекает, что первичным могло быть прозвище или имя: Вилижа, Вилига. В древнерусских говорах «вилига» — нечто извилистое, кривое, возможно, прозвище человека с хитрым или неспокойным характером. В таком случае Вилижинский — это «сын Вилиги», а фамилию «удлинили» суффиксом -ский для благозвучия или по польской моде (сравните с фамилиями Вилинский, Велижинский).

Третий, более редкий вариант — польское или белорусское происхождение. Фамилия могла возникнуть от названия местечка Велиж (ныне в Смоленской области, исторически — в Речи Посполитой). В польском произношении «Вилиж» дало бы форму Вилижинский. Такие фамилии нередко получали шляхтичи или католические священники, владевшие землёй в окрестностях.

В любом случае, Вилижинский — фамилия не массовая. В дореволюционных справочниках она встречается эпизодически, в основном на западе Российской империи: в Витебской, Могилёвской и Смоленской губерниях. Это подтверждает версию о пограничных землях, где смешивались русские, белорусские и польские ономастические традиции. Носители фамилии, скорее всего, были либо мелкими помещиками (шляхта), либо духовенством — именно эти сословия активно пользовались «географическими» фамилиями на -ский.