Фамилия Вильковские — это типичная славянская фамилия, образованная по модели с суффиксом -ск(ий). Такие фамилии чаще всего указывали на географическое происхождение или принадлежность к определённой местности, но в данном случае основа — личное прозвище. В центре фамилии лежит польское слово «wilk» — «волк». Отсюда и прозвище Вильк, которое могло закрепиться за человеком по разным причинам.

Самая прямая версия: Вильком называли нелюдимого, настороженного или недружелюбного человека — по поведению, напоминающему одинокого зверя. Но у славян была распространена и охранительная функция таких прозвищ: называя ребёнка Волком, родители надеялись, что злые силы не тронут его, приняв за «чужого» или опасного. Волк в народной культуре — символ не только жестокости и алчности, но и силы, выносливости, поэтому прозвище могло нести и пожелательный смысл.

Есть и менее очевидные версии. Например, связь с глаголом «вилять» — в значении «хитрить, лукавить, увёртываться». Тогда Вильком могли прозвать изворотливого, плутоватого человека. Другая гипотеза отсылает к слову «вилюга» — «хромой». В этом случае прозвище описывало особенность походки предка. Какая из версий верна для конкретной ветви рода, сказать сложно: фамилия могла возникнуть в разное время в разных регионах, и прозвище каждый раз получало свой оттенок.

Форма Вильковские (во множественном числе) характерна для польской и западнорусской традиции: так обозначали целый род или семью. В единственном числе фамилия звучит как Вильковский. Носители этой фамилии встречаются в Польше, Беларуси и на западе Украины. Точное время и место возникновения фамилии установить трудно, но её основа и суффикс указывают на то, что сложилась она не ранее XVI–XVII веков, когда шляхетские и крестьянские фамилии на -ский стали массово фиксироваться в документах.