Фамилия Вилне — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает все остальные версии. Она явно не вписывается в стандартную модель русских фамилий на -ов, -ин или -ский. Её основа и окончание выдают нерусские корни, и самый прямой путь ведёт в Прибалтику.

Скорее всего, это латышская или литовская фамилия, записанная в русской транслитерации. В латышском языке слово «vilnis» означает «волна». Фамилия Вилне могла быть образована от этой основы как прозвище человека с волнистыми волосами, переменчивым, «волнообразным» характером или жившего у воды. Окончание «-е» в русской записи характерно для латышских фамилий женского рода (например, Озолиньш — Озолиня), но в данном случае, попав в русскую среду, фамилия могла застыть в форме «Вилне» для всех членов семьи без изменения по родам.

Версия с литовским происхождением не менее правдоподобна. В литовском языке есть слово «vilnis» (волна) и топоним Вильнюс. Фамилия могла возникнуть как сокращённое указание на выходца из этого города или его окрестностей, по модели «виленский» → «Вилне». Подобные усечённые географические фамилии встречаются среди западнорусского дворянства и мещанства, имевших связи с Великим княжеством Литовским.

Менее вероятна, но возможна версия немецкого происхождения — от имени Wilne или топонима Wilna (историческое немецкое название Вильнюса). Немецкие колонисты или остзейские дворяне могли принести эту фамилию в Российскую империю, где она обрусела в написании.

Таким образом, основная версия — прибалтийская. Фамилия Вилне указывает либо на прозвище, связанное с волной (внешность, характер, место жительства), либо на происхождение из Вильнюса или его окрестностей. Встречается она преимущественно на северо-западе России, в Псковской, Ленинградской областях и в Санкт-Петербурге, что подтверждает её прибалтийский след.