Фамилия Вилен — одна из тех, что ставят исследователя перед выбором: с какого языка читать корень. В русском ономастиконе она редкая, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими основами. Самая прямая версия — сокращение от имени Вилен, которое в советскую эпоху давали как аббревиатуру «Владимир Ильич Ленин». Такие искусственные имена (Владлен, Ким, Рэм) породили и соответствующие фамилии, обычно у тех, кто родился в 1920–1930-е годы и получил имя при регистрации. Однако фамилия могла возникнуть и раньше, если её носил человек, чьё имя было записано как Вилен из польского или белорусского варианта имени Вильгельм (Wilhelm). В польской традиции это имя давало формы Вилен, Вильк, а фамилия на -ен указывает на западнославянское влияние — суффикс характерен для полонизированных или литовско-белорусских земель.

Есть и другая, менее очевидная линия: от топонима Вильно (историческое название Вильнюса). Житель этого города или выходец оттуда мог получить прозвище Вилен, а затем и фамилию. Такая модель — называть человека по месту жительства без стандартного суффикса (-ский, -ич) — встречается в простонародной среде, особенно среди мещан и крестьян западных губерний Российской империи. Например, в переписных книгах XIX века фиксировали «Вилен» как прозвище для приезжих из Виленской губернии.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: у неё нет типичного русского суффикса -ов или -ин. Форма Вилен — это чистая основа, что характерно для фамилий, которые не прошли этап патронимической обработки. В русской среде такие фамилии обычно пришлые, либо их давали при переписи по имени отца без добавления окончания. Если ваш предок носил фамилию Вилен в центральной России, скорее всего, он был из числа переселенцев с запада или потомком человека с необычным именем.

География фамилии сегодня размыта: носители встречаются в России, Беларуси, на Украине и в Израиле. В каждом случае стоит проверять местные архивные записи — в метрических книгах XIX века Вилен мог быть записан как прозвище, а не фамилия, и только к началу XX века закрепиться за родом. Единственное, что можно сказать наверняка: эта фамилия не крестьянская в классическом русском понимании — она скорее городская или западнорусская, с налётом интеллигентской или местечковой истории.