Фамилия Вильницкий — один из тех случаев, когда фамилия прямо указывает на родной город предка. Основа здесь — топоним Вильна (историческое, польское и русское название Вильнюса). Впервые Вильна упоминается в 1323 году в письме великого князя литовского Гедимина, который называет её своим стольным градом. Сегодня это столица Литвы, политический, экономический и культурный центр, а её Старый город внесён в Список всемирного наследия ЮНЕСКО.

Разбираем модель образования. Типичный суффикс -цк- (в форме -ицк-) указывает на принадлежность к местности. По этой же модели возникли фамилии Заболоцкий (от «за болотом»), Городецкий (от Городец) или, скажем, Острожский. Фамилию Вильницкий давали человеку, который переехал из Вильны в другую местность: так за ним закреплялось прозвище «вильнец», а его потомки уже получали фамилию с окончанием -ский, типичную для шляхты и образованных слоёв населения Речи Посполитой.

Есть и чуть более сложная версия. В польской и западнорусской ономастике встречается фамилия Wilnicki, которая могла образоваться от названия села Вильница (Wilnica) — такие сёла есть в Мазовии и на востоке современной Польши. Однако для формы «Вильницкий» с твёрдым «ц» (а не мягким «ц») вариант с Вильной выглядит убедительнее: жителя Вильны называли «вильнец» или «вильняк», а притяжательное прилагательное звучало как «вильницкий» — то есть «виленский».

Сам Вильнюс знаменит хорошо сохранившимся архитектурным ансамблем Вильнюсского университета, основанного в последнюю четверть XVI века. Это один из немногих европейских университетов, чьи здания до сих пор используются по прямому назначению. Если предки носителя фамилии жили в Вильне, они вполне могли быть горожанами, ремесленниками или мещанами, а не только шляхтой — фамилии на -ский в Речи Посполитой не были исключительно дворянскими, их носили и зажиточные горожане.

Встречаемость фамилии сегодня невысока, что характерно для «географических» фамилий, привязанных к конкретному городу. Основной ареал — запад России, Беларусь, восток Польши и Литва. Встречаются варианты написания: Вильницкий, Вильницький (украинская традиция) и Wilnicki (польская латиница).