Фамилия Вилпер — редкий пример, когда исходное личное имя почти без изменений перешло в фамилию. В основе лежит имя Вилпер, которое, скорее всего, является сокращённой формой немецкого имени Вилперт (Wilpert). Оно восходит к двум древнегерманским корням: wil — «воля, желание» и berht — «яркий, знаменитый». Имя Вилперт носили несколько средневековых святых, но в быту его часто укорачивали — так и появилось имя Вилпер.

Родители, называя сына Вилпером, желали ему вырасти решительным и целеустремлённым, а также прославленным человеком. В России фамилия закрепилась, скорее всего, через обрусевших немцев или прибалтийских переселенцев — в немецкоязычной среде модель перехода имени в фамилию без суффикса (как, например, у фамилий Фридрих или Конрад) встречается чаще, чем в русской ономастике.

Интересно, что в русском языке фамилия не получила типичных суффиксов -ов или -ин. Это указывает на позднее закрепление и, вероятно, на то, что носитель фамилии сам был выходцем из немецкой среды, а не потомком крестьянина, которому дали прозвище. По сословной принадлежности предки Вилперов могли быть ремесленниками, купцами или лютеранами-колонистами — точных данных нет, но география бытования фамилии (встречается на западе России и в Прибалтике) подтверждает такое происхождение.