Оно, вероятно, восходит к названию города в Прибалтике – Вильна. Согласно летописям, этот город существовал уже в XII веке. Вероятно, Вильнером прозвали выходца из города Вильна. Так, в Книге памяти Красноярского края упоминается Абрам Яковлевич Вильнер, родившийся в 1904 году в деревне Байкаловая Красноярского края, а также педагог Арнольд Ефимович Вильнер, родившийся в 1931 году в Харькове. Известным представителем фамилии является Меир Вильнер (1918-2003) — израильский левый политический деятель.