Фамилия Виркунен — типичный пример восточно-финской модели образования фамилий, распространённой среди ингерманландских финнов и карел. В её основе лежит прозвище Вирку, которое восходит к финскому слову virkku — «живой, бойкий, проворный». Такое прозвище могли дать человеку за подвижность, смелость или расторопность, то есть оно напрямую отражало черту характера первого носителя.

Ключевой элемент фамилии — суффикс -нен. В финской ономастике он выполняет ту же роль, что русские -ов/-ев или -ин: указывает на принадлежность. Буквально Виркунен означает «из рода Вирку» или «относящийся к Вирку». В отличие от более южных финских фамилий с суффиксом -лайнен/-ляйнен (который подчёркивает происхождение из местности или народности), формант -нен чаще встречается в восточных и саволакских фамилиях и считается более древним.

Географически фамилия Виркунен привязана к Ингерманландии — исторической области на берегах Невы и южного побережья Финского залива. В документах начала XX века упоминается Виркунен Андрей Фомич, родившийся в 1903 году в деревне Ленинградской области. Это подтверждает, что фамилия бытовала среди финского населения, которое веками жило на этих землях до массовых переселений XX столетия.

В отличие от многих русских фамилий, Виркунен не имеет патронимического суффикса — она не говорит «чей сын», а скорее «какой по характеру». Прозвище Вирку, от которого она образована, могло закрепиться за одним человеком, а затем перейти на всех его потомков как родовое имя. В современной Финляндии фамилия Virkkunen встречается чаще, чем в России, но написание через «и» (Виркунен) характерно именно для русифицированной передачи финских фамилий в документах XIX–XX веков.