Фамилия Вискунов образована по одной из самых распространённых в славянском мире моделей: от прозвища через суффикс -ов. Прозвище Вискун, лёгшее в основу, происходит от диалектного слова «виска». Это слово — заимствование из финно-угорских языков, и в севернорусских и сибирских говорах оно означает «проток», «ручей» или «небольшая речка». Такие названия нередко давали людям по месту жительства: предок носителя фамилии, скорее всего, жил на берегу ручья или у протоки.

Интересно, что слово «виска» до сих пор встречается в топонимике Русского Севера и Сибири — в названиях рек и урочищ. Это привязывает фамилию Вискунов к вполне конкретному географическому ареалу, что редкость для фамилий на -ов, часто размытых по всей России. В отличие от многих прозвищных фамилий, где основа затемнена, здесь прослеживается ясная связь с ландшафтом.

В ономастике встречаются и однокоренные фамилии — Висков, Вискин, но Вискунов стоит особняком из-за суффикса -ун, который в русских прозвищах часто придаёт оттенок деятеля или носителя признака. Вискун — это не просто «тот, кто у виски», а скорее «живущий у виски» или «связанный с виской». Со временем прозвище закрепилось за человеком как основное именование, а его дети и внуки уже стали писаться Вискуновыми. Других версий происхождения, например от глагола «вискать» (искать, визжать), у этой фамилии нет — они слабо подтверждаются диалектными данными и словообразовательной логикой.