Фамилия Витаханов — редкий пример, где основа идёт не от славянского корня, а от арабского имени через тюркское посредничество. В её основе лежит мужское имя Витахан, которое распадается на две части: «Вита» и «хан». Первая часть — это, скорее всего, искажённое или диалектное произношение арабского имени «Вита» (иногда передаётся как «Витта»), которое в свою очередь восходит к арабскому «Ваддад» — «любящий», «друг». Вторая часть — «хан» — тюркский титул, означавший правителя, вождя, но в составе личных имён он часто превращался в почётный компонент, подчёркивающий знатность или уважение к носителю. Таким образом, Витахан — это составное имя, которое можно истолковать как «любящий правитель» или «хан-друг».

Образование фамилии пошло по простой и продуктивной модели: к основе имени Витахан добавили русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Витаханова сына, потомка Витахана). Такое сочетание тюркско-арабского корня и русского суффикса характерно для фамилий народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, которые входили в состав Российской империи. В частности, фамилия Витаханов наиболее распространена среди чеченцев, ингушей, а также встречается у татар и народов Дагестана, где подобные двусоставные имена с компонентом «хан» были в ходу.

С точки зрения социальной истории, предок, носивший имя Витахан, мог быть не обязательно ханом в прямом смысле. В горских и степных обществах «хан» в имени часто служил маркером уважения, воинской доблести или просто благозвучным элементом. Фамилия не указывает на дворянское происхождение в русском понимании, а скорее говорит о том, что родоначальник был заметным человеком в своей общине — старейшиной, военачальником или уважаемым старцем.

Встречаются варианты написания, например, Витаханнов (с двойной «н»), но они редки и, скорее всего, являются результатом ошибок в документах или намеренного «обрусения» фамилии. Основная форма — Витаханов — закрепилась в советских паспортных столах и переписях. В отличие от фамилий с чисто русскими корнями (вроде Кузнецов или Иванов), Витаханов несёт в себе более сложный культурный код, где переплелись исламская традиция именования, тюркская титулатура и русская бюрократическая система оформления фамилий.