Фамилия Водарацкова — женская форма фамилии Водарацков, причём в данном случае суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования от прозвища или имени отца. Основа здесь неочевидная и редкая, что сразу выделяет фамилию из ряда привычных Водяных, Водопьяновых или Водорезовых.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Водарац, Водарец или Водарак. Первое, что приходит на ум, — связь с водой: «вода» и суффикс -ар- (как в словах «рыбарь», «гончар»), то есть «тот, кто связан с водой». Такое прозвище могли дать человеку, который жил у воды, работал перевозчиком, рыбаком или бурлаком. Однако суффикс -ац-/-ец- нередко встречается в западнорусских и белорусских говорах, придавая слову оттенок принадлежности или уменьшительности. Возможно, Водарац — это житель определённого места у воды или человек с характерной «водяной» внешностью (например, светлые глаза, бледная кожа).

Вторая, менее очевидная версия — связь с диалектным словом «водара» или «водора», которое в некоторых говорах означало «водоворот», «омуть» или «болотистое место». Тогда прозвище Водарац могло указывать на человека, жившего в сырой, низинной местности. В этом случае фамилия — чисто топографическая, как Заозёрский или Болотников.

Фамилия Водарацкова — редкая, её носители, скорее всего, происходят из северных или центральных областей России, где суффикс -ац- встречается чаще, чем на юге. Поскольку фамилия недворянская и не попала в родословные книги, её предки были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по прозвищу в XVII–XIX веках. В отличие от более частых Водяновых или Водопьяновых, Водарацковы сохранили редкую основу, которая почти не встречается в современных справочниках.