Фамилия Водиниктова — женская форма, но её разумно начинать с мужского варианта Водиниктов. Это отчество, образованное от имени или прозвища Водиникт, которое, в свою очередь, восходит к каноническому крестильному имени Венедикт (от латинского benedictus — «благословенный»). Фонетические изменения здесь типичны для русской народной речи: «Венедикт» через «Вединихт» превратился в «Водиникт» — с заменой «е» на «и» и появлением звонкого «г» в конце. Суффикс -ов- (в мужском варианте) указывает на принадлежность: «сын Водиникта».

Однако есть и более редкая версия. В некоторых говорах «водиник» или «водяник» могли называть человека, связанного с водой: рыбака, лодочника или того, кто жил у реки. Если прозвище Водиник (или Водяник) существовало независимо от крестильного имени, то фамилия Водиниктов могла возникнуть от него. Но против этой версии говорит конечное «-кт» в основе — для прозвищ такой суффикс нехарактерен. Поэтому версия с искажением Венедикта выглядит убедительнее.

Географически фамилия редкая. Встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где церковные имена часто переиначивали на местный лад. В документах XIX века можно найти варианты Водинихтов, Водинигтов — это следы той же народной этимологии, когда неудобное сочетание звуков заменяли более привычным. Носители фамилии, скорее всего, были потомками крестьян или мещан, в чьих семьях имя Венедикт передавалось из поколения в поколение.

Интересная деталь: фамилия почти не встречается в южных и западнорусских говорах, где «Венедикт» чаще превращался в «Веденикт» или «Бенедикт». Это указывает на конкретный ареал бытования — вероятно, Владимирскую, Костромскую или Вологодскую губернии. Если ваш предок носил эту фамилию, можно с высокой вероятностью предположить, что он был выходцем именно оттуда.