Фамилия Водениктов — одна из тех, чью основу почти безошибочно определяешь на слух: корень «вод-» и суффикс «-ник» сразу наводят на мысль о человеке, связанном с водой. Но угадать точное значение мешает редкий и нестандартный суффикс «-ов». В русских фамилиях суффикс -ов обычно крепится к основе, оканчивающейся на согласный (Петров — от Пётр), а здесь основа Воденикт заканчивается на «т». Это значит, что перед нами не прямое отчество от прозвища Воденик, а скорее вторичная форма: Водениктов — сын Воденикта, где Воденикт — это уже переоформленное в мужское имя прозвище.

Само прозвище Воденик образовано по классической модели «основа + -ник»: так называли человека, чья работа или промысел были связаны с водой. В русских говорах «воденик» — не просто водяной или русалка, а вполне реальный человек: водовоз, бурлак, перевозчик на лодке, работник на мельнице или на рыбных промыслах. В некоторых регионах так могли назвать и того, кто «водил» воду — прорывал каналы, строил запруды. Фамилия Водениктов, таким образом, говорит о ремесле предка, а не о его личном имени или черте характера.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, особенно к бывшим Вологодской и Архангельской губерниям, где речные и озёрные промыслы были основой хозяйства. Встречается она и в Поволжье — там, где бурлачество и судоходство кормили целые деревни. В южных регионах фамилия редка, что косвенно подтверждает её «северное» происхождение.

В написании Водениктов интересна буква «е» в корне. В диалектах могло звучать и «Водяник», и «Воденик» — второй вариант, с «е», закрепился в официальных документах, возможно, под влиянием церковнославянского произношения. Вариант Водяников существует, но он встречается реже и считается более «народным» — с аканьем и упрощением.

В отличие от распространённой фамилии Водников, которая могла возникнуть от названия населённого пункта (Водники), Водениктов однозначно указывает на профессию. Разница в суффиксе — «-ов» вместо «-ин» — не меняет сути, но подчёркивает, что фамилия образовалась в эпоху, когда прозвища уже переходили в устойчивые родовые имена, а не просто в отчества.