Фамилия Воден — редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. В отличие от распространённых фамилий на -ов/-ев, она не указывает на принадлежность отцу (чей? — Иванов, Петров). Суффикс -ен здесь может быть как русским (в некоторых говорах — вариант -ин, например, Воден вместо Водин), так и украинским или белорусским, где -ен часто заменяет -ин. Но есть и другая, более вероятная версия: фамилия могла быть образована напрямую от прозвища Водень или Водя — так в северных и центральных губерниях называли человека, который много времени проводил у воды: рыбака, лодочника, перевозчика или мельника.

Если исходить из корня «вод-», фамилия Воден прозрачно связана с водой. В старину прозвище Водень давали не только по профессии, но и по характеру — так могли назвать плаксивого ребёнка или человека с «водянистым», мягким нравом. В некоторых диалектах «водень» означало ещё и «водяной дух» или «болотный житель», что придаёт фамилии оттенок народной мифологии.

Встречается фамилия преимущественно на юге России, в Беларуси и на Украине, где суффикс -ен более характерен для фамилий, чем для центральных областей. Например, в украинской ономастике фамилии вроде Воден, Ковален, Шевчен — показатель того, что фамилия сформировалась в среде, где притяжательный суффикс -ен вытеснил русский -ин.

Стоит учесть и редкую возможность: фамилия могла быть искусственно изменена при записи в паспорт или церковную книгу. В XIX веке писарь мог сократить длинную фамилию Водеников или Воденский до простого Воден, особенно если носитель был из крестьян или мещан, где точность фамилии не всегда соблюдалась. Так что Воден может быть как самостоятельным прозвищем, так и усечённой формой более длинной фамилии. Дворянских корней у неё нет — в родословных книгах эта фамилия не значится, что подтверждает её простонародное происхождение.