Фамилия Воденков — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа таит в себе сразу несколько возможных объяснений, и каждое по-своему логично. На первый взгляд, корень «вод-» наталкивает на мысль о воде, но в русских фамилиях прямой путь от слова к смыслу — не единственный.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), а основа Воденк- — это либо форма личного имени, либо прозвища. Самая очевидная версия: Воденко — это украинская или южнорусская форма имени Водяной. Не в мифологическом смысле, а как прозвище человека, связанного с водой: рыбака, перевозчика, мельника или того, кто жил у реки. Суффикс -енк(о) типичен для восточноукраинских фамилий (сравните Бондаренко, Шевченко), и при переходе в великорусскую среду такие фамилии часто русифицировали, добавляя -ов: Воденко → Воденков. География фамилии это подтверждает: Воденковы встречаются в Курской, Белгородской, Воронежской областях — на стыке украинского и русского влияния.

Менее очевидная, но не менее правдоподобная версия отталкивается от канонического имени Водим (редкая форма от Владимир) или от крестильного Венедикт (в просторечии Веденей, Воденя). В таком случае Воденко — уменьшительное от Воденя, а Воденков — «сын Воденки». Этот путь типичен для фамилий, образованных от народных форм церковных имен, и не требует привязки к воде.

Наконец, нельзя сбрасывать со счетов и прозвище Воденок — так в некоторых говорах называли водянистый, бледный или мокрый предмет, но вряд ли это было распространённым личным прозвищем. Скорее, это вторичное осмысление фамилии уже после её закрепления.

Таким образом, Воденков с высокой вероятностью — потомок выходца с юга России или Украины, носившего прозвище Воденко (по роду занятий или по имени). Фамилия недворянская, крестьянская или казачья, что подтверждается её отсутствием в родословных книгах и частой встречаемостью в однодворческих и казачьих списках XIX века.