Фамилия Воденкова — женская форма фамилии Воденков, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Воденко. В русской ономастике суффикс -енко характерен для украинской и южнорусской традиции: он уменьшительно-ласкательный, указывал на сына или младшего родственника. То есть Воденко — «маленький Вода» или «сын Воды». Но что за «Вода»?

Здесь есть два основных объяснения, и оба рабочие. Первое: прозвище могли дать человеку, чья жизнь была связана с водой — рыбаку, лодочнику, паромщику или тому, кто жил у реки, озера. Второе: в старых русских говорах «водой» иногда называли не только жидкость, но и болотистую местность, топь. Предок Воденковых мог получить прозвище от места жительства — «живущий у воды» или «на болоте». Такие прозвища давали без злого умысла, просто как ориентир на местности.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с крестильным именем Воден (от Вод — сокращение от Владимир или Водослав). Однако имя Воден — редкость, и гораздо естественнее считать основой бытовое слово «вода».

Фамилия Воденкова довольно редкая. Географически чаще встречается в центральных и южных областях России, а также на Украине, что подтверждает её южнорусский суффикс. В дореволюционных метрических книгах Воденковы фиксировались преимущественно среди крестьян и мещан — то есть сословного барьера у фамилии не было, она могла возникнуть в любой среде, где требовалось отличить одного человека от другого по характерному признаку.

Обратите внимание на ударение. В фамилии Воденкова оно может падать как на первый слог (Во́денкова), так и на второй (Воде́нкова). Первый вариант ближе к исходному слову «вода», второй — к суффиксальной модели. В официальных документах часто встречается именно Во́денкова, но местные говоры могли смещать ударение.