Фамилия Воденеева может быть фонетическим вариантом фамилии Веденеева. В свою очередь, фамилия Веденеева образована от имени Веденей. Оно является производной формой имени Венедикт (Бенедикт), которое переводится с латинского как «благословенный». Покровителем имени Бенедикт считается святой Бенедикт Нурсийский, основатель монашеского ордена бенедиктинцев. Святой Бенедикт считается покровителем Германии, Палермо (Италия) и Сандерленда (Великобритания), а также небесным заступником школьников, преподавателей, земледельцев, музыкантов и художников. В 1964 году папа Павел VI провозгласил святого Бенедикта Нурсийского покровителем Европы. Скорее всего, основатель рода Воденеевых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, которого звали Веденей, со временем получил фамилию Воденеева.