Фамилия Воденюк относится к числу «водных» фамилий. Возможно, она образована от топонима. Очевидно, предок обладателя этой фамилии жил неподалеку от водоема, за что и получил прозвище Воденюк. Согласно другой, более правдоподобной версии, фамилия образована от нецерковного имени Водяной (Воденя), которое считалось «охранным». В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители могли назвать его Водяным (Воденей). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Воденюк (Воденя), со временем получил фамилию Воденюк.