Фамилия Воденицкий — один из тех случаев, где географическое прозвище оказывается куда вероятнее, чем профессиональное. Вопреки первому впечатлению, она вряд ли связана с водой или водным промыслом напрямую. Основа здесь — не «вода», а топоним Воденица или Воденицы.

Такое название носят несколько сёл и хуторов в западных регионах бывшей Российской империи: на юге современной Польши, в западной Беларуси и на Волыни. Житель такого места получал прозвище Воденицкий, а его дети уже наследовали фамилию. Суффикс -ицк(ий) — типичный для польской и западнорусской ономастики, он указывает на принадлежность к месту, а не на происхождение от личного имени. То есть Воденицкий — это «тот, кто из Воденицы».

Само название села Воденица обычно выводят от диалектного «воденица» — небольшой водяной поток, ручей, реже — мельница на воде. В некоторых говорах так называли и болотистое место. Поэтому предок носителя фамилии мог жить у ручья или на сырой низине, но не обязательно работал с водой как мельник или рыбак.

Модель образования фамилии — типично шляхетская: в Речи Посполитой фамилии на -ский (-цкий) получала прежде всего мелкая и средняя знать по названию своего владения или хутора. Однако в XIX веке, после разделов Польши, такие фамилии активно давали и крестьянам при переписях — по месту рождения или жительства. Поэтому Воденицкий может быть и потомком обедневшего шляхтича, и крестьянина из села Воденицы.

Встречаются варианты написания: Воденицкий, Водяницкий, Воденицки. Ударение в русском языке обычно падает на второй слог: Воде́ницкий. В польском произношении — на третий: Водени́цкий.

Другие однокоренные фамилии (Водяник, Воденников, Водянов) образованы по другим моделям — от личного прозвища Водяной или от ремесла, и к Воденицкому прямого отношения не имеют.