Фамилия Воденисов относится к числу «водных» фамилий. Возможно, она образована от прозвища Воденис, которое восходит к топониму. Возможно, предок обладателя этой фамилии жил неподалеку от водоема, за что и получил прозвище Воденисов. Согласно другой, более правдоподобной версии, фамилия образована от нецерковного имени Воденис, которое считалось «охранным». В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители могли назвать его Воденисом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Воденис, со временем получил фамилию Воденисов.