Фамилия Водеников образована от прозвища или нецерковного имени Воденик, а то, в свою очередь, — от слова «вода». В русских говорах «водеником» называли человека, который возит воду, водовоза, или того, кто живет у воды, на реке. В некоторых диалектах слово имело и более узкое значение: так могли прозвать мельника, работающего на водяной мельнице, или даже водяного — мифологического хозяина водоемов, но в основе фамилии скорее лежит конкретное занятие, а не прозвище по духу.

Суффикс -ик в основе Воденик указывает на лицо по действию или признаку (сравните: плотник, садовник, охотник). Затем к этому прозвищу прибавили стандартный русский патронимический суффикс -ов, означающий «сын Воденика» или «принадлежащий Воденику». По модели образования фамилия типична для северных и центральных регионов России, где суффикс -ов доминировал над -ин.

Географически фамилия Водеников встречается не повсеместно, но фиксируется в документах по Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниям. Это согласуется с тем, что прозвища по ремеслу водовоза были особенно распространены в городах и крупных селах, где воду приходилось доставлять издалека.

В написании фамилии возможна путаница с однокоренной Водяников — от «водяник» (тот же водовоз или водяной). Однако Водеников звучит как более древняя, архаичная форма: слово «воденик» в словарях Даля и Фасмера отмечено именно как диалектное, с ударением на первый слог. Водяников же — вариант, возникший под влиянием прилагательного «водяной».

Сословно фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская: дворянские роды с такой фамилией не известны, в родословных книгах она не значится. Это не умаляет её ценности — за ней стоит реальное занятие предка, без которого в доиндустриальном городе или большом селе не обходились.