Фамилия Воденикова — женская форма, а её мужской вариант — Водеников. В центре этой фамилии лежит не вода в прямом смысле, а конкретное занятие или прозвище. Основа «воден» или «водян» в русских говорах чаще всего связывалась с человеком, который имел дело с водяной мельницей. Водеником называли мельника, работавшего на водяной мельнице, или же того, кто жил при ней и следил за плотиной. В некоторых областях так могли прозвать и водовоза, но мельничная версия выглядит убедительнее: водяные мельницы были распространены, а должность воденика — конкретная и узнаваемая в деревенской общине.

Суффикс «-ов» в основе указывает на типичную русскую патронимическую модель: Водеников — это буквально «сын Воденика». То есть прозвище отца перешло в наследственное именование потомков. Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде старообрядцев, где был распространён «Воденик» как неканоническое имя, данное по месту жительства у воды, но это скорее исключение.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России, где водяные мельницы были обычным делом. В современных базах данных Водениковы встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что косвенно подтверждает связь с водным промыслом и мельничным делом.

Словообразовательно фамилия проста: корень «вод-», суффикс «-ен-» (указывающий на принадлежность или отношение к воде), и фамильный суффикс «-ов». В отличие от фамилий вроде Водянова или Водопьянова, где подчёркивается обилие воды или пьянство, Водеников прямо указывает на профессию, а не на качество. Это делает её более «ремесленной» и конкретной.