Фамилия Воденникова — одна из тех, что напрямую отсылает к стихии воды. В её основе лежит прозвище Воденник, которое, скорее всего, получил человек, живший у реки, озера или родника. Такие прозвища по месту жительства были обычной практикой на Руси: они чётко указывали на особенность усадьбы или деревни, не требуя дополнительных пояснений. Однако «водная» версия — не единственная.

Существует и другая, более тонкая гипотеза. Имя Водяной или Воденник в древности могло быть не просто бытовым прозвищем, а так называемым «охранным» именем. Славяне верили, что если назвать ребёнка в честь духа воды — хозяина омутов и рек, — то нечистая сила примет его за «своего» и не тронет. Подобная практика была распространена повсеместно: так появлялись имена Зима, Нелюб, Волк. В этом случае фамилия Воденникова несла не столько географический, сколько обережный смысл.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа «Воденник» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов-. Суффикс -ник в прозвище указывал на человека, связанного с чем-либо по роду занятий или по характерному признаку. Получается, что Воденник — это «тот, кто у воды» или «тот, кто подобен водяному». Фамилия Воденникова, таким образом, означает «дочь (или жена) Воденника», а мужской вариант Воденников — «сын Воденника».

Стоит отметить, что фамилия эта достаточно редкая и имеет ярко выраженную региональную окраску. Она встречается преимущественно в северных и центральных областях России, где много рек и озёр, а культ водных духов в народной памяти сохранялся дольше. В южных степных регионах, где с водой было напряжённее, подобные прозвища давали реже — там ценили иной ландшафт.