Фамилия Воденникова относится к числу «водных» фамилий. Возможно, она образована от прозвища Воденник, которое восходит к нарицательному «вода». Очевидно, предок обладателя этой фамилии жил неподалеку от водоема. Согласно другой версии, фамилия образована от нецерковного имени Водяной (Воденник), которое считалось «охраннительным».