Фамилия Воденников образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Воденников относится к числу «водных» фамилий. Возможно, она образована от прозвища Воденник, которое восходит к нарицательному «вода». Очевидно, предок обладателя этой фамилии жил неподалеку от водоема. Согласно другой версии, фамилия образована от нецерковного имени Водяной (Воденник), которое считалось «охраннительным». О точном месте и времени возникновения фамилии Воденников в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Воденников представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.