Фамилия Водениктова женская, мужской вариант — Водениктов. В основе лежит крестильное имя Воденикт — просторечная, народная форма канонического имени Венедикт (от латинского benedictus — «благословенный»). В русской традиции XVI–XVII веков имя Венедикт нередко произносили и писали как Воденикт или Водиникт: звук «е» под влиянием аканья переходил в «о», а «н» и «д» менялись местами. Так же появились фамилии Водеников, Водяников и даже Водянистов — все они восходят к тому же источнику, хотя на слух кажутся связанными с водой.

Суффикс -ов указывает на типичную модель образования русских фамилий от личных имён: Водениктов — буквально «сын Воденикта». В XIX веке такие фамилии были распространены в среде крестьян и мещан центральных губерний России, особенно в Ярославской, Костромской и Владимирской. По переписям, Водениктовы чаще встречались в северо-восточных уездах, где имя Венедикт в народной форме держалось дольше.

Интересная деталь: в некоторых говорах Водениктом могли прозвать человека, работавшего с водой — мельника или перевозчика, но это вторичное осмысление. Первичное значение всё же через имя. Фамилия нечастая, но не исчезнувшая: её носители встречаются и сегодня, в основном на территории бывшей Владимирской губернии.