Фамилия Воденякин — редкий пример, где суффикс -як- в сочетании с -ин указывает на диалектную основу. В русских фамилиях суффикс -як- (как в Рыляк, Костяк) обычно служил для образования прозвищ, а -ин добавлялся уже при оформлении фамилии: Воденяк + ин. То есть предка звали Воденяком, и это прозвище, а не имя.

Самая прямая версия: Воденяк — человек, связанный с водой. Не просто «водяной» в мифологическом смысле, а тот, кто жил у воды, работал на воде или имел отношение к водному промыслу. В северных и центральных говорах «воденяк» могли называть рыбака, перевозчика, бурлака или мельника на водяной мельнице. В отличие от фамилии Водянов (от имени Водян или прозвища Водяной), форма Воденякин подчёркивает не столько качество («водянистый»), сколько принадлежность к определённому роду занятий.

Есть и менее очевидная версия: отчество от нецерковного имени Воденя. В дохристианской традиции ребёнка могли назвать Воденей — по месту рождения у воды или по обряду, связанному с водой. Имя Воденя фиксируется в старых актах, хотя и редко. В этом случае фамилия Воденякин означала «сын Водени», а суффикс -як- мог быть уменьшительным или просторечным вариантом.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниям — регионам с развитым речным хозяйством. Там же встречаются однокоренные Воденяков, Воденягин. Написание через «е» в корне (Воденякин, а не Водяникин) указывает на акающее произношение, которое закрепилось в письменной форме: в говорах звук после «д» мог редуцироваться, но на письме сохранили «е» как этимологически более правильное.

Таким образом, Воденякин — фамилия профессионального или топонимического происхождения, образованная от прозвища, которое давали человеку, чья жизнь была неразрывно связана с водой. Никакой мистики, только быт и ремесло.