Фамилия Водышев — редкая, и её разбор требует внимания к деталям, а не к шаблонным схемам. Если отбросить поверхностные ассоциации, корень здесь не очевиден. Вопреки первому впечатлению, фамилия вряд ли напрямую связана с водой. В русской ономастике есть фамилия Водяшев (от имени Водяша, уменьшительной формы от Водяной — прозвища по профессии или внешности), но Водышев стоит особняком.

Скорее всего, основа Водыш — это вариант крестильного имени Вадим или Владимир, прошедший через народную переделку. В говорах имена могли «обкатываться» до неузнаваемости: Вадим — Вадыш — Водыш. Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий: Водыш даёт Водышев. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или уменьшительных форм имён, которые закрепились в быту.

Есть и вторая, менее распространённая версия: связь с корнем «вод-» в значении «водить, вождь». В диалектах «водышь» могло означать «поводырь» или «предводитель» — человека, который ведёт за собой, например, в охоте или на промысле. Но это предположение слабее, так как в письменных источниках такое слово не зафиксировано.

Географически фамилия Водышев встречается в центральных и северных областях России — в Вологодской, Кировской, Костромской областях. Это регионы, где сохранились архаичные говоры и где фамилии часто фиксировали не по документам, а по «уличному» прозванию. В переписных книгах XVII–XVIII веков Водышевы могли записываться как крестьяне или посадские люди — дворянских родов с такой фамилией не известно.

Особенность фамилии в том, что её написание устойчиво: вариант Водышов (с -ов) почти не встречается, что говорит о поздней фиксации, уже после унификации русской орфографии в XIX веке. Если ваш предок — Водышев, он, скорее всего, потомок человека, которого в деревне звали уменьшительным именем Водыш, а официально — Вадимом или Владимиром.