Фамилия Волфонцев — редкий случай, когда исходное прозвище, скорее всего, возникло не от личного имени или профессии, а от названия места. Основой послужило прозвище Волхонец, которое указывало на выходца из местности с названием Волхонь (или Волхон). Деревни и села с таким именем встречаются в европейской части России, и это имя не вымышленное: в исторических документах 1798 года упоминается «деревня Волхона» в контексте размежевания земель между помещиками Волынскими и Матовыми.

Главная лингвистическая загадка фамилии — чередование «х» на «ф» в корне: Волхонец превратился в Волфонцев. Такая замена звука характерна для южных русских говоров, а также для украинского и белорусского языков, где «х» перед некоторыми гласными могло переходить в «ф» (сравните с украинским «хвіртка» при русском «калитка»). Именно этот фонетический сдвиг и закрепился в фамилии, сделав её форму необычной.

Модель образования проста: топоним Волхонь → прозвище Волхонец (человек оттуда) → фамилия Волфонцев через патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкого или шипящего звука). Суффикс -ец в прозвище указывал на принадлежность к местности, а затем был переосмыслен как часть основы.

Таким образом, предки носителей фамилии Волфонцев были крестьянами или служилыми людьми, переселившимися из одного из селений с названием Волхонь. Фамилия не имеет отношения к волку или волне — это чисто топонимический след, сохранённый в нестандартном фонетическом облике.