Фамилия Волохонский — одна из тех, что сразу выдают географическое происхождение. Её основа — топоним, название места. Скорее всего, речь идёт о населённом пункте с корнем «Волох-» или «Волохонь». Такие названия встречаются в западных и юго-западных регионах бывшей Российской империи, в зоне исторического расселения восточных славян. Типичный суффикс -ский (женский вариант -ская) в русских фамилиях указывает на принадлежность к местности: владелец поместья или выходец из села Волохонь, Волохово или подобного.

Корень «волох» напрямую связан с этнонимом. В древнерусском языке «волох» (или «волохъ») означало представителя романских народов — чаще всего румын или молдаван, а также итальянцев. В летописях так называли жителей Валахии (исторической области на юге Румынии). Таким образом, название поселения могло возникнуть либо от прозвища переселенца-валаха, либо от местности, где жили «волохи». Человек по прозвищу Волох получал фамилию Волохов или Волохин, а его потомок, перебравшийся в другое село, мог стать Волохонским — «тот, кто из Волохова».

Модель образования фамилии через суффикс -он- и окончание -ский встречается реже, чем просто -ов или -ин. Она характерна для польской и западнорусской ономастики, особенно для шляхетских или духовных фамилий. Волохонский — фамилия не крестьянская, а скорее дворянская или священническая, поскольку суффикс -ский в XVI–XVII веках закреплялся за теми, кто владел землёй или служил церкви. Встречается она преимущественно среди потомков польской шляхты, литовских татар (которые нередко брали фамилии по месту службы) и русского духовенства.

В некоторых случаях возможна иная этимология: от слова «волок» (перетаскивание судов между реками) с диалектным чередованием «к/х». Но это менее вероятно, так как фамилия Волоконский существовала бы отдельно, а форма с «х» прямо указывает на этническое прозвище.

Споров вокруг фамилии немного: версия с валахами и топонимом — основная и признаётся большинством ономастов (например, в работах Б. Унбегауна по русским фамилиям). Других убедительных гипотез нет. Если ваши предки носили эту фамилию, ищите корни в западных губерниях Российской империи — Волынской, Подольской, Гродненской или в Царстве Польском. Там же стоит искать село Волохонь или Волохов, от которого пошёл род.