Фамилия Ворогушин образована от прозвища или нецерковного имени Ворогуша. В его основе лежит слово «ворог». По словарю В. И. Даля, «ворог» означает «знахарь, колдун». Следовательно, первая и наиболее прямая версия — прозвище относилось к «профессиональным» именованиям и указывало на род деятельности предка: он мог быть знахарем, колдуном или ведуном. Это объяснение лежит на поверхности и не требует дополнительных допущений.

Однако у слова «ворог» есть и другие значения: «враг, злодей», а также «леший, нечистая сила». В народной среде такие имена (Ворог, Ворогуша) могли давать с «охранительной» целью. Считалось, что, называя ребёнка Ворогушей, родители обманывают злых духов: имя, связанное с нечистой силой или врагом, отпугивает настоящую беду. В этом случае имя выполняло функцию оберега. Обе версии — «профессиональная» и «охранительная» — имеют право на существование, и обе не противоречат словообразовательной модели.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ворогушин — «чей?» — сын или потомок Ворогуши. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. Примечательно, что в основе лежит редкая форма Ворогуша, а не более распространённая Ворога. Этот уменьшительный суффикс -уш- придаёт прозвищу оттенок скорее бытовой, ласкательной или пренебрежительной оценки, что характерно для деревенской ономастики.

Фамилия нечастая. Её география тяготеет к северным и центральным регионам России, где слово «ворог» в значении «колдун» было в ходу дольше, чем на юге. Встречаются также однокоренные фамилии Ворогов, Ворогушин, Ворожейкин, но каждая из них образована от разных прозвищных форм и не является прямым вариантом.